fijate de que las compos de ambos programas esten seteados iguales, que la camara tenga todos los keys de todos los canales, proba animando un locator y llevalo para ver si es que en verdad hay un margen de error visible.
Puede que te tire un error en el after, yo duplico la capa en maya y tiro el bake de nuevo, no se pero siempre hay que darle una vueltita de rosca.
Sino lo ultimo es llevar a max un fbx y exportarlo como rpf, eso a mi me funciono aunque es mucho bardo
Suerte!