Juanjo; pregunto......
1- tenes separado en IDs la pistola?...

no se rian!!
2 -donde tenes puesto el uvw unwrap y map, sobre el meshmooth o debajo del meshmooth?,...siempre va antes del meshmooth porq sino te va a unwrapear el objeto con la cantidad de poligonos q agrega el meshmoothy claro, depende de las iteracciones q pongas, + o - poligonos vas a tenes.
3- si tenes IDs..., porq no "FILTRAS" los poligonos q queres q te muestre el editor del unwrap?,... cuando tu modelo tiene IDs asignadas, estas IDs figuran al desplegar este campo, aca seleccionas el numero de ID q corresponda a la parte del objeto q quieras mapear y asi, solo aparese eso en el editor.
4- tenes bien orientado el guizmo de mapeado uvw?,.... tenes q saber interpretar el guizmo de mapeado uvw, porq tiene marcas de orientacion, sino lo orientas bien, siempre te puede mostrar una figura irreconosible, como te pasa en este caso, ojo q tambien influye el visor activo al momento de picar en el boton edit del mod uvwunwrap...
5- si todo lo q te dije, esta bien hecho, el problema te viene por las "OPCIONES DE MAPUEADO" q te marque en la imagen..., en este menu, tenes unas opciones q te permiten desplegar el resultado del unwrap, por grupos de poligonos, estos grupos se controlan con estas opciones, q dependiendo de las mismas actuan como un iman, de a cuerdo a un valor espesificado en la opcion, por consiguiente, si tenes poligonos q se salen del valor espesificado estos aparesen sueltos o separados y tenes q soldarlos y unirlos como bien te indica Spetznaz.
Por todas estas cosas, (juntas o cada una por separado), podes tener esos problemas...
Creo q es todo lo q puedo decirte por ahora...