Ubq, poner el programa en el start menu del usuario te va a correr la applicación cuando te logees, no cuando prendas la maquina.
Si lo que queres es que el programa corra apenar cargue windows sin importar si te logeas o no necesitas cargarlo como un servicio de sistema.
Fijate esta app que sirve justo para eso :
http://www.firedaemon.com/
Saludos