Supongo que en 3ds se puede hacer igual.
Importa el trackeo del boujou,
Crea una camara y ponele en el Enviroment, (no se como es en max pero la idea es que en el fondo de la camara se proyecta la imagen), el video que trackeaste
ahora con el video como fondo, acomoda todo lo que vino del boujou, tracks + camara, movelo hasta que coincida, te vas a dar cuenta que los puntos dibujan los objetos de tu video, esquinas, paredes, mesas, algo te va a servir de referencia.
En definitiva, acomodas la data del boujou a las cordenadas de tu proyecto.
Espero haber sido claro, cualquier duda... a sus ordenes
Saludos